Manuel da Silva Martins nasceu em Leça do Balio, a 20 de janeiro de 1927. Fez os seus estudos nos Seminários do Porto e na Universidade Gregoriana, em Roma. Começou a sua atividade como professor de Direito Canónico no Seminário Maior do Porto, de que foi Vice-reitor.
De 1960 a 1969 (durante o exílio de D. António Ferreira Gomes, Bispo do Porto) foi pároco de Cedofeita. Para além de uma atividade pastoral intensa, aí promoveu a construção de nova igreja (completada pelo seu sucessor) e a "Arca de Noé", para fins sociais e culturais. Recuperou ainda para o património paroquial a Creche de Cedofeita. Em 1969, quando D. António Ferreira Gomes regressou do exílio, foi nomeado vigário geral da diocese. Em 1975, foi nomeado o 1º Bispo da diocese de Setúbal.
Tem sido notável, como reconhecem crentes e não crentes, a sua ação dinâmica em todas as vertentes, mas sobretudo na defesa aberta e persistente dos mais carecidos, quer em Portugal, quer em África. Várias autarquias o nomearam "cidadão honorário", condecorando-o com medalhas de mérito e dando o seu nome, por exemplo, em Setúbal, a uma Escola Secundária e ao Polo-Sul da Universidade Moderna. É Doutor "honoris causa", pela Universidade Lusíada.
D. Manuel Martins foi Presidente da Comissão Episcopal da Ação Social e Caritativa e Presidente da Comissão Episcopal das Migrações e Turismo, em ambos, durante dois mandatos, cargos que o levaram em missão pastoral a muitos países.
Foi também Presidente da Secção Portuguesa da Pax Christi e é atualmente Presidente da Fundação SPES. Tem prestigiado extraordinariamente a Igreja, como referência atenta e arejada em relação aos problemas deste novo mundo, intervindo com desassombro em conferências, entrevistas e comentários na televisão, na rádio e na imprensa escrita.
Foi dispensado da Diocese de Setúbal, a seu instante pedido, em abril de 1998.